El trabajo de nuestra organización en México vino de la mano del compromiso previo en Guatemala. El conflicto armado que se inicia en Guatemala los años 60 y la represión brutal de los años 80 provoca el éxodo de miles de personas, de cientos de comunidades enteras -sobre todo indígenas del norte del país- hacia México. Allí permanecieron unos años en campamentos de refugiados diseminados por varios Estados mexicanos.
Mundubat, a principios de la década de los noventa, empezó a acompañar a algunos de estos pueblos refugiados, en concreto a los que asentaron sus campamentos en el Estado de Chiapas. Trabajábamos apoyando su reforzamiento organizativo para que un día fuera posible el retorno a su país, que al final se produjo en 1996, tras los Acuerdos de Paz. Nuestra labor con estos grupos de refugiados y refugiadas nos permitió ir tejiendo lentamente relaciones con las comunidades locales: conocimos sus organizaciones, su cultura y, la lucha de los pueblos Tzetzales, Tzotziles, Tojolabales y de las comunidades mestizas por una paz con justicia y dignidad. Como consecuencia de lo anterior, en 1995 y 1996 -años de guerra en Chiapas- nuestro trabajo se centró en el apoyo a la población desplazada interna. Esto se materializó en ayuda de emergencia a las comunidades que estaban padeciendo hambre -en el granero de México- y que no contaban con atención sanitaria. Así como en programas de denuncia y protección de los Derechos Humanos.