Realización de macroproyectos por parte de las transnacionales que afectan a la biodiversidad de los territorios, y son contrarios a la soberanía alimentaria, la producción, y el comercio justo. La Selva Lacandona representa el 0.16% del territorio nacional, pero posee el 20 % de la biodiversidad en el país.
El Plan Puebla Panamá, apoyado por el gobierno mexicano, supone desplazamientos de población indígena y repercusiones irrecuperables para el medioambiente.
Continúan la militarización y paramilitarización como mecanismos de control de las comunidades indígenas de las áreas de conflicto. Asimismo se utilizan para salvaguardar los intereses de los macroproyectos, y para regular el tráfico de inmigrantes.
No se reconoce la identidad y derechos de los pueblos indígenas mexicanos. El Gobierno no ha ratificado los Acuerdos de San Andrés, firmados con el Ejército Zapatista de Liberación Nacional, y demandados por todos los pueblos indígenas.
Esta situación ha desatado las protestas de la población, la resistencia civil en Chiapas, así como la reorganización del movimiento social mexicano.